Как закрыть доступ к сайту или его части при доступе по FTP-протоколу?

Это реализуется путём создания и использования файла .ftpaccess. Например, чтобы ограничить доступ на только для конкретного IP, .ftpaccess должен содержать:

    <Limit ALL>
     Allow from xx.xx.xx.xx
     Deny from all
     </Limit>

где xx.xx.xx.xx — разрешенный IP-адрес.